На каком основании цианобактерии все ученые очень долго относили к растениям, в частности к водорослям,

Сравнительно крупные размеры клеток (носток, например, образует довольно крупные колонии, которые можно даже взять в руки), осуществляют фотосинтез с выделением кислорода сходным с высшими растениями образом, также внешнее сходство с водорослями было причиной их рассмотрения ранее в составе растений («синезелёные водоросли»).
А в конце ХХ века было доказано, что клетки синезеленых ядер не имеют, да и хлорофилл в их клетках не такой, как у растений, а характерный для бактерий. Сейчас цианобактерии относятся к числу наиболее сложно организованных и морфологически дифференцированных прокариотных микроорганизмов.