Сцена казни Пугачева занимает особое место в романе. Гринев, будучи честным и благородным человеком, решает присутствовать на казни того, кому был обязан своим личным счастьем. Пугачев заметил полюбившегося ему за храбрость, доброе сердце и честность Гринева и кивнул ему головой. Это происходит за минуту до того, как мертвая и окровавленная голова бунтовщика будет показа народу. Наверняка эта минута облегчила душевные муки Пугачева. А Гринев выразил сожаление о столь позорной кончине атамана: “Емеля! Емеля!.. зачем не наткнулся ты на штык или не подвернулся на картечь! Лучшего ничего не мог бы ты придумать”. В этом сожалении явно скрыто и отношение Пушкина к Пугачеву. Ведь Пугачев в его романе предстает храбрым и сильным, добрым и благородным, наивным и хвастливым. Не зря Гринев искренне жалеет заблудшего, по его мнению, Емельяна, не воспринимает его как врага и кровавого злодея и обещает молиться за него.